{"id":1295,"date":"2026-08-21T14:31:16","date_gmt":"2026-08-21T14:31:16","guid":{"rendered":"https:\/\/matforge.org\/?p=1295","raw":"https:\/\/matforge.org\/?p=1295"},"modified":"2026-08-21T14:31:16","modified_gmt":"2026-08-21T14:31:16","slug":"benchmark-suites-scientific-solvers","status":"publish","type":"post","link":"https:\/\/matforge.org\/fr\/benchmark-suites-scientific-solvers\/","title":{"rendered":"Suites de r\u00e9f\u00e9rence pour les solveurs scientifiques : SCIML, DOE Sparse Solvers et ASU Mittelmann","raw":"Suites de r\u00e9f\u00e9rence pour les solveurs scientifiques : SCIML, DOE Sparse Solvers et ASU Mittelmann"},"content":{"rendered":"<span class=\"span-reading-time rt-reading-time\" style=\"display: block;\"><span class=\"rt-label rt-prefix\">Reading Time: <\/span> <span class=\"rt-time\"> 10<\/span> <span class=\"rt-label rt-postfix\">minutes<\/span><\/span><article>\n<p>L&rsquo;analyse comparative est essentielle lorsque les chercheurs doivent comparer les solveurs num\u00e9riques, les mod\u00e8les d&rsquo;apprentissage automatique, les biblioth\u00e8ques d&rsquo;alg\u00e8bre lin\u00e9aire clairsem\u00e9es ou les logiciels d&rsquo;optimisation. Un solveur qui fonctionne bien sur une \u00e9quation, une matrice, une tol\u00e9rance ou une plate-forme mat\u00e9rielle peut se comporter de mani\u00e8re tr\u00e8s diff\u00e9rente dans un autre ensemble de conditions.<\/p>\n<p>Une r\u00e9f\u00e9rence utile devrait fournir des d\u00e9finitions de probl\u00e8mes r\u00e9p\u00e9tables, des mesures de pr\u00e9cision coh\u00e9rentes, des environnements de calcul contr\u00f4l\u00e9s et des rapports transparents. Il doit \u00e9galement correspondre au type de logiciel \u00e9valu\u00e9. Un int\u00e9grateur ODE, un op\u00e9rateur neuronal, un solveur direct clairsem\u00e9 et un optimiseur \u00e0 contrainte PDE ne r\u00e9solvent pas le m\u00eame probl\u00e8me et ne doivent pas \u00eatre compar\u00e9s via la m\u00eame suite de tests.<\/p>\n<p>Le paysage de l&rsquo;informatique scientifique comprend plusieurs ressources de r\u00e9f\u00e9rence importantes. ScimlBenchmarks se concentre sur l&rsquo;efficacit\u00e9 du solveur d&rsquo;\u00e9quations diff\u00e9rentielles. PDEbench fournit des ensembles de donn\u00e9es et des t\u00e2ches d&rsquo;\u00e9valuation pour l&rsquo;apprentissage automatique scientifique. HPCG repr\u00e9sente des charges de travail peu abondantes et \u00e0 forte intensit\u00e9 de m\u00e9moire sur des ordinateurs hautes performances. SuiteSparse fournit des matrices d&rsquo;applications r\u00e9elles. La collection ASU Mittelmann prend en charge les comparaisons de logiciels d&rsquo;optimisation, y compris les probl\u00e8mes contraints par PDE.<\/p>\n<h2>Pourquoi les benchmarks des solveurs ont besoin de cat\u00e9gories<\/h2>\n<p>Le mot <i>solveur<\/i> peut d\u00e9crire plusieurs types de logiciels diff\u00e9rents. Un int\u00e9grateur de temps fait avancer une ODE ou une PDE semi-discr\u00e9tis\u00e9e. Un solveur lin\u00e9aire clairsem\u00e9 calcule la solution d&rsquo;un syst\u00e8me matriciel. Un op\u00e9rateur neuronal se rapproche du mappage entre les entr\u00e9es et les sorties PDE. Un solveur d&rsquo;optimisation minimise un objectif tout en satisfaisant les contraintes.<\/p>\n<p>Ces outils n\u00e9cessitent des crit\u00e8res d&rsquo;\u00e9valuation diff\u00e9rents. Les int\u00e9grateurs de temps sont g\u00e9n\u00e9ralement compar\u00e9s par des \u00e9valuations d&rsquo;erreurs, d&rsquo;ex\u00e9cution et de fonction. Les solveurs clairsem\u00e9s n\u00e9cessitent des collections matricielles, des mesures de m\u00e9moire, des nombres d&rsquo;it\u00e9rations et des r\u00e9sultats de mise \u00e0 l&rsquo;\u00e9chelle. Les mod\u00e8les de ML scientifiques n\u00e9cessitent des mesures de formation et d&rsquo;inf\u00e9rence, des tests de g\u00e9n\u00e9ralisation et des comparaisons avec des solutions de r\u00e9f\u00e9rence num\u00e9rique.<\/p>\n<p>Une suite de benchmark n&rsquo;est utile que lorsque sa classe de probl\u00e8mes correspond \u00e0 l&rsquo;objectif du solveur.<\/p>\n<h2>Principales familles de r\u00e9f\u00e9rence<\/h2>\n<table class=\"custom-table\">\n<tbody>\n<tr>\n<th>ressource de r\u00e9f\u00e9rence<\/th>\n<th>Principale classe de probl\u00e8mes<\/th>\n<th>\u00c9valuation typique<\/th>\n<th>Meilleure utilisation<\/th>\n<\/tr>\n<tr>\n<td>ScimlBenchmarks<\/td>\n<td>Odes, SDES, DAES, semi-discr\u00e9tisations PDE et mod\u00e8les associ\u00e9s<\/td>\n<td>Sch\u00e9mas de pr\u00e9cision du travail, comparaisons de temps, d&rsquo;erreurs et de solveurs<\/td>\n<td>Comparaison des algorithmes d&rsquo;\u00e9quations diff\u00e9rentielles<\/td>\n<\/tr>\n<tr>\n<td>pdebench<\/td>\n<td>Ensembles de donn\u00e9es PDE d\u00e9pendant du temps pour le ML scientifique<\/td>\n<td>Erreur de pr\u00e9diction, qualit\u00e9 de d\u00e9ploiement, formation et performances d&rsquo;inf\u00e9rence<\/td>\n<td>Comparaison des substituts de PDE neuronaux et des mod\u00e8les d&rsquo;apprentissage par l&rsquo;op\u00e9rateur<\/td>\n<\/tr>\n<tr>\n<td>HPCG<\/td>\n<td>Charge de travail lin\u00e9aire clairsem\u00e9e structur\u00e9e sur les syst\u00e8mes HPC<\/td>\n<td>Performances et \u00e9volutivit\u00e9 au niveau du syst\u00e8me<\/td>\n<td>\u00c9valuation de la mani\u00e8re dont le mat\u00e9riel HPC g\u00e8re les op\u00e9rations peu repr\u00e9sentatives<\/td>\n<\/tr>\n<tr>\n<td>SuitesParse Matrix Collection<\/td>\n<td>De v\u00e9ritables matrices clairsem\u00e9es de nombreux domaines d&rsquo;application<\/td>\n<td>Ex\u00e9cution, m\u00e9moire, convergence, robustesse et comportement de factorisation<\/td>\n<td>Tester des algorithmes de matrice parcimonie et des biblioth\u00e8ques de solveurs<\/td>\n<\/tr>\n<tr>\n<td>Asu Mittelmann<\/td>\n<td>Optimisation continue, discr\u00e8te et contrainte par PDE<\/td>\n<td>Ex\u00e9cution, instances r\u00e9solues, optimalit\u00e9 et robustesse<\/td>\n<td>Comparaison des logiciels d&rsquo;optimisation<\/td>\n<\/tr>\n<\/tbody>\n<\/table>\n<h2>Clarification des noms de r\u00e9f\u00e9rence non v\u00e9rifi\u00e9s<\/h2>\n<p>Les notes de projets informels et les projets de recherche g\u00e9n\u00e9r\u00e9s font parfois r\u00e9f\u00e9rence \u00e0 des suites appel\u00e9es \u00ab Himas \u00bb ou \u00ab Scibase \u00bb. Ces noms ne doivent pas \u00eatre trait\u00e9s comme des benchmarks scientifiques \u00e9tablis sans publication, r\u00e9f\u00e9rentiel ou source institutionnelle.<\/p>\n<p>Lorsque vous discutez de l&rsquo;\u00e9valuation du solveur clairsem\u00e9, il est plus s\u00fbr de r\u00e9f\u00e9rencer la ressource r\u00e9elle utilis\u00e9e, telle que HPCG, SuiteSparse ou une comparaison document\u00e9e impliquant PETSC, Trilinos, Hypre ou Superlu.<\/p>\n<p>Petsc, Trilinos, Hypre et Superlu sont des biblioth\u00e8ques de solveurs plut\u00f4t qu&rsquo;une suite de r\u00e9f\u00e9rence combin\u00e9e. Les chercheurs peuvent les comparer sur les m\u00eames matrices ou charges de travail PDE, mais le protocole de test doit \u00eatre d\u00e9fini s\u00e9par\u00e9ment.<\/p>\n<h2>ScimlBenchmarks<\/h2>\n<p><a href=\"https:\/\/docs.sciml.ai\/SciMLBenchmarksOutput\" rel=\"nofollow noopener\" target=\"_blank\">ScimlBenchmarks<\/a> fournit des comparaisons reproductibles pour les algorithmes d&rsquo;\u00e9quations diff\u00e9rentielles. Sa couverture comprend des odes non rigides et rigides, des \u00e9quations diff\u00e9rentielles stochastiques, des \u00e9quations diff\u00e9rentielles-alg\u00e9briques, des probl\u00e8mes de valeurs limites et des syst\u00e8mes PDE s\u00e9lectionn\u00e9s apr\u00e8s discr\u00e9tisation spatiale.<\/p>\n<p>L&rsquo;outil d&rsquo;\u00e9valuation central est le diagramme de pr\u00e9cision du travail. Chaque solveur est ex\u00e9cut\u00e9 avec plusieurs param\u00e8tres de tol\u00e9rance ou des configurations num\u00e9riques. L&rsquo;erreur mesur\u00e9e est trac\u00e9e par rapport au co\u00fbt de calcul, tel que le temps d&rsquo;ex\u00e9cution, le nombre d&rsquo;\u00e9valuations de droite ou une autre mesure de travail.<\/p>\n<p>Un solveur qui appara\u00eet plus pr\u00e8s de la r\u00e9gion inf\u00e9rieure gauche du diagramme fournit g\u00e9n\u00e9ralement une erreur inf\u00e9rieure \u00e0 un co\u00fbt inf\u00e9rieur. Aucun point n&rsquo;est suffisant car les classements des solveurs peuvent changer \u00e0 mesure que la pr\u00e9cision demand\u00e9e change.<\/p>\n<h3>Ce que r\u00e9v\u00e8lent les diagrammes de pr\u00e9cision du travail<\/h3>\n<p>Supposons que le solveur A soit plus rapide \u00e0 des tol\u00e9rances l\u00e2ches mais devient inefficace lorsqu&rsquo;une grande pr\u00e9cision est requise. Le solveur B peut avoir un co\u00fbt d&rsquo;installation plus \u00e9lev\u00e9 mais une meilleure \u00e9chelle \u00e0 mesure que la tol\u00e9rance devient plus stricte. Une seule comparaison d&rsquo;ex\u00e9cution masquerait cette distinction.<\/p>\n<p>L&rsquo;analyse de la pr\u00e9cision du travail rend visible le compromis pr\u00e9cision-co\u00fbt-co\u00fbt. Il est particuli\u00e8rement utile pour les int\u00e9grateurs de temps adaptatifs car leur nombre de pas et leurs \u00e9valuations de fonctions d\u00e9pendent de la tol\u00e9rance demand\u00e9e.<\/p>\n<h3>Comparaisons inter-langues<\/h3>\n<p>Les collections de r\u00e9f\u00e9rence SCIML peuvent inclure des algorithmes accessibles via diff\u00e9rents \u00e9cosyst\u00e8mes logiciels. Les tests inter-langues n\u00e9cessitent des soins car les frais g\u00e9n\u00e9raux d&rsquo;enveloppe, la compilation, l&rsquo;allocation de m\u00e9moire, les valeurs par d\u00e9faut du solveur et les d\u00e9finitions de contr\u00f4le des erreurs peuvent affecter le r\u00e9sultat.<\/p>\n<p>Une comparaison \u00e9quitable doit utiliser des \u00e9quations \u00e9quivalentes, des conditions initiales, des tol\u00e9rances, des temps de sortie, des informations sur Jacobien et des crit\u00e8res d&rsquo;arr\u00eat.<\/p>\n<h2>PDEBench pour l&rsquo;apprentissage automatique scientifique<\/h2>\n<p><a href=\"https:\/\/github.com\/pdebench\/PDEBench\" rel=\"nofollow noopener\" target=\"_blank\">pdebench<\/a> est con\u00e7u pour la recherche sur l&rsquo;apprentissage automatique impliquant des syst\u00e8mes physiques bas\u00e9s sur la PDE. Il fournit du code, des ensembles de donn\u00e9es, des mod\u00e8les de base et des outils d&rsquo;\u00e9valuation pour comparer les substituts appris dans plusieurs familles d&rsquo;\u00e9quations.<\/p>\n<p>Les ensembles de donn\u00e9es associ\u00e9s comprennent des probl\u00e8mes tels que l&rsquo;advection, l&rsquo;\u00e9quation de Burgers, les syst\u00e8mes de r\u00e9action de diffusion, de diffusion-sorption, les \u00e9quations compressibles de Navier-Stokes, le flux de Darcy et les \u00e9quations d&rsquo;eau peu profonde.<\/p>\n<p>Les chercheurs peuvent utiliser les donn\u00e9es fournies pour \u00e9valuer les op\u00e9rateurs de neurones de Fourier, les r\u00e9seaux convolutionnels, les mod\u00e8les autor\u00e9gressifs et d&rsquo;autres approches scientifiques de ML sans g\u00e9n\u00e9rer ind\u00e9pendamment chaque ensemble de donn\u00e9es de simulation.<\/p>\n<h3>Quelles mesures de PdeBench<\/h3>\n<p>L&rsquo;\u00e9valuation d&rsquo;un mod\u00e8le PDE apprise n\u00e9cessite plus d&rsquo;une seule erreur au carr\u00e9 moyenne. Les mesures utiles peuvent inclure :<\/p>\n<ul>\n<li>Erreurs \u00e0 pas de temps individuels<\/li>\n<li>Stabilit\u00e9 du d\u00e9ploiement \u00e0 long horizon<\/li>\n<li>Violation de la loi sur la conservation<\/li>\n<li>Performances sur les valeurs de param\u00e8tres invisibles<\/li>\n<li>Erreurs proches des limites ou des gradients nets<\/li>\n<li>Co\u00fbt de formation et d&rsquo;inf\u00e9rence<\/li>\n<li>consommation de m\u00e9moire<\/li>\n<\/ul>\n<p>Le simulateur num\u00e9rique utilis\u00e9 pour produire un ensemble de donn\u00e9es d&rsquo;apprentissage et le mod\u00e8le appris qui se rapproche de sa sortie effectuent diff\u00e9rentes t\u00e2ches. Le co\u00fbt de la formation, le co\u00fbt de la g\u00e9n\u00e9ration de donn\u00e9es et le co\u00fbt de l&rsquo;inf\u00e9rence doivent donc \u00eatre d\u00e9clar\u00e9s s\u00e9par\u00e9ment.<\/p>\n<h3>Ressources de donn\u00e9es SCIML associ\u00e9es<\/h3>\n<p>Des donn\u00e9es de r\u00e9f\u00e9rence pour la recherche scientifique sur le ML bas\u00e9e sur les PDE sont \u00e9galement disponibles via le <a href=\"https:\/\/darus.uni-stuttgart.de\/dataverse\/sciml_benchmark\" rel=\"nofollow noopener\" target=\"_blank\">Collection de r\u00e9f\u00e9rence SCIML sur Darus<\/a>.<\/p>\n<p>Des sorties de r\u00e9f\u00e9rence suppl\u00e9mentaires et des comparaisons exp\u00e9rimentales peuvent \u00eatre trouv\u00e9es sur <a href=\"https:\/\/benchmarks.sciml.ai\" rel=\"nofollow noopener\" target=\"_blank\">benchmarks.sciml.ai<\/a>. Les chercheurs doivent enregistrer la version exacte de l&rsquo;ensemble de donn\u00e9es, la validation du r\u00e9f\u00e9rentiel et l&rsquo;environnement logiciel utilis\u00e9 dans chaque exp\u00e9rience.<\/p>\n<h2>HPCG pour l&rsquo;\u00e9valuation du syst\u00e8me HPC<\/h2>\n<p>Le <a href=\"https:\/\/hpcg-benchmark.org\" rel=\"nofollow noopener\" target=\"_blank\">benchmark de gradients de conjugaison hautes performances<\/a> a \u00e9t\u00e9 cr\u00e9\u00e9 en compl\u00e9ment du LinPack haute performance. HPL met l&rsquo;accent sur l&rsquo;alg\u00e8bre lin\u00e9aire dense, tandis que HPCG utilise des mod\u00e8les de calcul et d&rsquo;acc\u00e8s \u00e0 la m\u00e9moire qui sont plus proches de nombreuses applications scientifiques rares.<\/p>\n<p>HPCG construit un syst\u00e8me clairsem\u00e9 associ\u00e9 \u00e0 un probl\u00e8me de mod\u00e8le en trois dimensions et applique des op\u00e9rations telles que la multiplication par vecteur clairsem\u00e9e, les mises \u00e0 jour vectorielles, les produits DOT et les it\u00e9rations de gradient de conjugu\u00e9s pr\u00e9conditionn\u00e9s \u00e0 plusieurs r\u00e9seaux.<\/p>\n<p>Le benchmark expose les limites li\u00e9es \u00e0 la bande passante de la m\u00e9moire, \u00e0 la communication, \u00e0 la synchronisation et au mouvement des donn\u00e9es. Ces facteurs dominent souvent les grandes simulations clairsem\u00e9es m\u00eame lorsqu&rsquo;une machine a des performances th\u00e9oriques en virgule flottante tr\u00e8s \u00e9lev\u00e9es.<\/p>\n<h3>Ce que HPCG ne mesure pas<\/h3>\n<p>HPCG ne doit pas \u00eatre trait\u00e9 comme un classement complet de tous les solveurs lin\u00e9aires clairsem\u00e9s. Il utilise un algorithme de r\u00e9f\u00e9rence sp\u00e9cifique et une structure de probl\u00e8me. Une biblioth\u00e8que con\u00e7ue pour les matrices asym\u00e9triques, la factorisation directe clairsem\u00e9e, les syst\u00e8mes ind\u00e9finis ou le pr\u00e9conditionnement sp\u00e9cifique \u00e0 l&rsquo;application peut ne pas \u00eatre repr\u00e9sent\u00e9e de mani\u00e8re \u00e9quitable par un seul r\u00e9sultat HPCG.<\/p>\n<p>HPCG est tr\u00e8s utile pour comparer des syst\u00e8mes informatiques ou des impl\u00e9mentations de sa charge de travail prescrite. Une \u00e9valuation plus large des solveurs n\u00e9cessite plusieurs matrices et classes de probl\u00e8mes.<\/p>\n<h2>SuitesParse Matrix Collection<\/h2>\n<p>La <a href=\"https:\/\/sparse.tamu.edu\" rel=\"nofollow noopener\" target=\"_blank\">SuitesParse Matrix Collection<\/a> contient des matrices clairsem\u00e9es provenant d&rsquo;applications r\u00e9elles. La collection \u00e9tait auparavant connue sous le nom de collection Matrix de l&rsquo;Universit\u00e9 de Floride.<\/p>\n<p>Ses matrices repr\u00e9sentent des probl\u00e8mes provenant de la dynamique des fluides informatiques, de l&rsquo;analyse structurelle, de la simulation de circuit, de l&rsquo;optimisation, de l&rsquo;\u00e9lectromagn\u00e9tique, de l&rsquo;analyse des graphes et de nombreux autres domaines.<\/p>\n<p>Cette diversit\u00e9 rend SuiteSparse utile pour tester :<\/p>\n<ul>\n<li>Factorisation directe clairsem\u00e9e<\/li>\n<li>M\u00e9thodes it\u00e9ratives de Krylov<\/li>\n<li>pr\u00e9conditionneurs<\/li>\n<li>R\u00e9organisation matricielle<\/li>\n<li>Partage de graphes<\/li>\n<li>Noyaux clairsem\u00e9s GPU<\/li>\n<li>Formats de m\u00e9moire et de stockage<\/li>\n<\/ul>\n<h3>Pourquoi les matrices r\u00e9elles sont-elles importantes<\/h3>\n<p>Une matrice synth\u00e9tique peut reproduire une taille ou un niveau de parcimonie s\u00e9lectionn\u00e9 tout en manquant les propri\u00e9t\u00e9s structurelles qui rendent un syst\u00e8me r\u00e9el difficile. Le remplissage pendant la factorisation, la dominance diagonale, la sym\u00e9trie, le conditionnement, la structure des blocs et la connectivit\u00e9 graphique peuvent tous influencer le comportement du solveur.<\/p>\n<p>Une bonne \u00e9tude de suitesparse ne doit pas s\u00e9lectionner uniquement les matrices qui favorisent une m\u00e9thode. L&rsquo;ensemble de tests doit repr\u00e9senter l&rsquo;application cible et inclure des r\u00e8gles claires d&rsquo;inclusion et d&rsquo;exclusion.<\/p>\n<h2>biblioth\u00e8ques de solveurs et donn\u00e9es de r\u00e9f\u00e9rence<\/h2>\n<p>PETSC, Trilinos, Hypre et Superlu sont couramment utilis\u00e9s dans le calcul scientifique, mais ils offrent des capacit\u00e9s diff\u00e9rentes.<\/p>\n<ul>\n<li><strong>petsc<\/strong> fournit des vecteurs distribu\u00e9s, des matrices, des m\u00e9thodes Krylov, des solveurs non lin\u00e9aires, des int\u00e9grateurs de temps et des interfaces \u00e0 des packages externes.<\/li>\n<li><strong>Trilinos<\/strong> contient des packages pour l&rsquo;alg\u00e8bre clairsem\u00e9e, les m\u00e9thodes it\u00e9ratives, le pr\u00e9conditionnement, les solveurs directs, les syst\u00e8mes non lin\u00e9aires et les flux de travail multiphysiques.<\/li>\n<li><strong>Hypre<\/strong> se concentre sur les solveurs it\u00e9ratifs \u00e9volutifs et les pr\u00e9conditionneurs multi-grids pour les grands syst\u00e8mes parall\u00e8les.<\/li>\n<li><strong>SuperLU<\/strong> fournit une factorisation LU clair pour les environnements s\u00e9quentiels, multithreads et distribu\u00e9s.<\/li>\n<\/ul>\n<p>Une comparaison cr\u00e9dible doit utiliser des formats de matrice \u00e9quivalents, des tol\u00e9rances d&rsquo;arr\u00eat, des param\u00e8tres de pr\u00e9conditionneur, une pr\u00e9cision, une allocation mat\u00e9rielle et des d\u00e9finitions de convergence.<\/p>\n<h2>R\u00e9f\u00e9rences de l&rsquo;ASU Mittelmann<\/h2>\n<p><a href=\"https:\/\/plato.asu.edu\" rel=\"nofollow noopener\" target=\"_blank\">hans Mittelmann de l&rsquo;ASU Benchmark Site<\/a> recueille les probl\u00e8mes de test et les comparaisons de performances pour les logiciels d&rsquo;optimisation.<\/p>\n<p>Le site plus large couvre plusieurs cat\u00e9gories d&rsquo;optimisation. Sa collection d&rsquo;optimisation \u00e0 contrainte PDE comprend des probl\u00e8mes de contr\u00f4le elliptiques et paraboliques enti\u00e8rement discr\u00e9tis\u00e9s repr\u00e9sent\u00e9s sous forme de mod\u00e8les AML.<\/p>\n<p>Ces probl\u00e8mes peuvent \u00eatre soumis \u00e0 des solveurs d&rsquo;optimisation non lin\u00e9aires qui prennent en charge AML. Ils sont utiles pour \u00e9tudier comment les optimiseurs g\u00e8rent de grands syst\u00e8mes dans lesquels les variables de d\u00e9cision et les contraintes d\u00e9coulent d&rsquo;un PDE discr\u00e9tis\u00e9.<\/p>\n<h3>Quelles mesures d&rsquo;optimisation contraintes par la PDE<\/h3>\n<p>Une r\u00e9f\u00e9rence d&rsquo;optimisation \u00e0 contrainte PDE peut \u00e9valuer plus que la vitesse de la solution PDE. Il peut \u00e9galement tester :<\/p>\n<ul>\n<li>R\u00e9duction de la fonction objectif<\/li>\n<li>Contrainte satisfaction<\/li>\n<li>Optimalit\u00e9 de premier ordre<\/li>\n<li>Robustesse aux suppositions initiales<\/li>\n<li>Manutention d\u00e9riv\u00e9e et hessienne<\/li>\n<li>Utilisation de la m\u00e9moire<\/li>\n<li>La mise \u00e0 l&rsquo;\u00e9chelle \u00e0 mesure que la discr\u00e9tisation est affin\u00e9e<\/li>\n<\/ul>\n<p>Ces tests ne sont pas des substituts \u00e0 des benchmarks ordinaires de solveur lin\u00e9aire PDE ou clairsem\u00e9s. Ils \u00e9valuent le flux de travail d&rsquo;optimisation complet.<\/p>\n<h2>Comment choisir la bonne r\u00e9f\u00e9rence<\/h2>\n<table class=\"custom-table\">\n<tbody>\n<tr>\n<th>But d&rsquo;\u00e9valuation<\/th>\n<th>ressource recommand\u00e9e<\/th>\n<th>Principales mesures<\/th>\n<\/tr>\n<tr>\n<td>Comparez les algorithmes d&rsquo;ODE ou d&rsquo;int\u00e9gration temporelle<\/td>\n<td>ScimlBenchmarks<\/td>\n<td>Erreur, ex\u00e9cution, \u00e9valuations de fonctions et pr\u00e9cision du travail<\/td>\n<\/tr>\n<tr>\n<td>Comparer les mod\u00e8les de substituts acquis par PDE<\/td>\n<td>pdebench<\/td>\n<td>Erreur de pr\u00e9diction, stabilit\u00e9 du d\u00e9ploiement, entra\u00eenement et co\u00fbt d&rsquo;inf\u00e9rence<\/td>\n<\/tr>\n<tr>\n<td>Comparez les syst\u00e8mes HPC sur des charges de travail rares<\/td>\n<td>HPCG<\/td>\n<td>D\u00e9bit, mise \u00e0 l&rsquo;\u00e9chelle, m\u00e9moire et performances de communication<\/td>\n<\/tr>\n<tr>\n<td>Comparer les algorithmes de solveurs clairsem\u00e9s<\/td>\n<td>SuitesParse<\/td>\n<td>Ex\u00e9cution, m\u00e9moire, it\u00e9rations, robustesse et r\u00e9sidus<\/td>\n<\/tr>\n<tr>\n<td>Comparez les optimiseurs \u00e0 contrainte PDDE<\/td>\n<td>Asu Mittelmann<\/td>\n<td>Ex\u00e9cution, probl\u00e8mes r\u00e9solus, faisabilit\u00e9 et optimalit\u00e9<\/td>\n<\/tr>\n<\/tbody>\n<\/table>\n<h2>Concevoir une comparaison de solveurs \u00e9quitables<\/h2>\n<p>Chaque solveur devrait recevoir le m\u00eame probl\u00e8me math\u00e9matique. Cela inclut le m\u00eame domaine, le m\u00eame maillage, les coefficients, les conditions initiales, les conditions aux limites, l&rsquo;heure finale et la sortie demand\u00e9e.<\/p>\n<p>Lorsque les algorithmes utilisent diff\u00e9rentes repr\u00e9sentations internes, la comparaison doit se concentrer sur une mesure de pr\u00e9cision externe commune. Un r\u00e9sultat rapide n&rsquo;est pas utile s&rsquo;il ne parvient pas \u00e0 atteindre l&rsquo;erreur cible.<\/p>\n<p>Le rapport de r\u00e9f\u00e9rence doit enregistrer :<\/p>\n<ul>\n<li>Versions du solveur et des d\u00e9pendances<\/li>\n<li>Param\u00e8tres de compilateur et d&rsquo;optimisation<\/li>\n<li>Informations sur le processeur, le GPU, la m\u00e9moire et le r\u00e9seau<\/li>\n<li>Le nombre de threads et de processus<\/li>\n<li>Pr\u00e9cision et type de donn\u00e9es<\/li>\n<li>Tol\u00e9rances et conditions d&rsquo;arr\u00eat<\/li>\n<li>Pr\u00e9conditionneurs et r\u00e9organisations matricielles<\/li>\n<li>Traitement d&rsquo;\u00e9chauffement et de compilation<\/li>\n<li>Nombre d&rsquo;ex\u00e9cutions r\u00e9p\u00e9t\u00e9es<\/li>\n<li>D\u00e9finitions d&rsquo;erreurs et d&rsquo;\u00e9checs<\/li>\n<\/ul>\n<h2>Utilisez plusieurs niveaux de pr\u00e9cision<\/h2>\n<p>Une r\u00e9f\u00e9rence r\u00e9alis\u00e9e \u00e0 une tol\u00e9rance peut produire un gagnant trompeur. Certaines m\u00e9thodes ont peu de frais g\u00e9n\u00e9raux et fonctionnent bien lorsque les exigences de pr\u00e9cision sont l\u00e2ches. D&rsquo;autres deviennent plus comp\u00e9titifs \u00e0 des tol\u00e9rances plus strictes.<\/p>\n<p>Pour les int\u00e9grateurs de temps, plusieurs combinaisons de tol\u00e9rances relatives et absolues doivent \u00eatre test\u00e9es. Pour les solveurs lin\u00e9aires it\u00e9ratifs, les chercheurs doivent rapporter des d\u00e9finitions r\u00e9siduelles et examiner si la r\u00e9duction r\u00e9siduelle alg\u00e9brique correspond \u00e0 une erreur de solution r\u00e9elle.<\/p>\n<p>Les diagrammes de pr\u00e9cision du travail, les profils de performances et les trac\u00e9s de convergence fournissent plus d&rsquo;informations qu&rsquo;une seule table de synchronisation.<\/p>\n<h2>Mesurer les co\u00fbts de configuration et de r\u00e9solution r\u00e9p\u00e9t\u00e9e<\/h2>\n<p>Le co\u00fbt du solveur contient souvent plusieurs composants :<\/p>\n<ul>\n<li>Assemblage de la matrice<\/li>\n<li>Construction du pr\u00e9conditionneur<\/li>\n<li>Factorisation symbolique<\/li>\n<li>Factorisation num\u00e9rique<\/li>\n<li>Temps de r\u00e9solution individuel<\/li>\n<li>Transfert de donn\u00e9es<\/li>\n<li>Sortie et post-traitement<\/li>\n<\/ul>\n<p>Une m\u00e9thode directe peut avoir un co\u00fbt de factorisation initial \u00e9lev\u00e9, mais r\u00e9soudre rapidement des c\u00f4t\u00e9s droits suppl\u00e9mentaires. Une m\u00e9thode it\u00e9rative peut avoir un co\u00fbt de configuration inf\u00e9rieur, mais n\u00e9cessite de nombreuses it\u00e9rations pour chaque solution.<\/p>\n<p>Les rapports de r\u00e9f\u00e9rence doivent s\u00e9parer la configuration ponctuelle des performances \u00e0 r\u00e9solution r\u00e9p\u00e9t\u00e9e.<\/p>\n<h2>Erreurs d&rsquo;analyse comparative courantes<\/h2>\n<p>Une erreur fr\u00e9quente consiste \u00e0 comparer les r\u00e9sultats g\u00e9n\u00e9r\u00e9s sur diff\u00e9rents maillages ou avec des cibles d&rsquo;erreur diff\u00e9rentes. Un calcul plus rapide sur un probl\u00e8me plus grossier ne d\u00e9montre pas qu&rsquo;un solveur est plus efficace.<\/p>\n<p>D&rsquo;autres erreurs courantes incluent :<\/p>\n<ul>\n<li>Rapport d&rsquo;ex\u00e9cution sans erreur de rapport<\/li>\n<li>S\u00e9lectionner uniquement des matrices favorables<\/li>\n<li>Utilisation de diff\u00e9rentes conditions d&rsquo;arr\u00eat<\/li>\n<li>Ignorer les \u00e9checs ou les ex\u00e9cutions non convergentes<\/li>\n<li>Combiner la compilation avec l&rsquo;ex\u00e9cution pour une seule langue<\/li>\n<li>Comparaison des ex\u00e9cutions CPU et GPU sans documenter les co\u00fbts de transfert de donn\u00e9es<\/li>\n<li>Utilisation de HPCG pour \u00e9valuer un mod\u00e8le Neural PDE non apparent\u00e9<\/li>\n<li>Utiliser PDEBench comme substitut \u00e0 la r\u00e9f\u00e9rence de la matrice clairsem\u00e9e<\/li>\n<li>Signaler uniquement l&rsquo;ex\u00e9cution la plus rapide au lieu de mesures r\u00e9p\u00e9t\u00e9es<\/li>\n<li>Ne pas publier de scripts et de configurations<\/li>\n<\/ul>\n<h2>Un flux de travail de r\u00e9f\u00e9rence pratique<\/h2>\n<ol>\n<li>D\u00e9finir le probl\u00e8me scientifique et le cas d&rsquo;utilisation cible.<\/li>\n<li>S\u00e9lectionnez une ressource de r\u00e9f\u00e9rence qui correspond \u00e0 la classe Solveur.<\/li>\n<li>Choisissez des instances repr\u00e9sentatives avant d&rsquo;ex\u00e9cuter les solveurs.<\/li>\n<li>D\u00e9finissez les crit\u00e8res d&rsquo;erreur, de convergence et de d\u00e9faillance courants.<\/li>\n<li>Enregistrer les environnements logiciels et mat\u00e9riels.<\/li>\n<li>Testez plusieurs tol\u00e9rances, tailles de matrice ou r\u00e9solutions de maillage.<\/li>\n<li>S\u00e9parez les co\u00fbts de configuration, de r\u00e9solution et de transfert de donn\u00e9es.<\/li>\n<li>R\u00e9p\u00e9tez les ex\u00e9cutions et rapportez la variation statistique.<\/li>\n<li>Inspectez la pr\u00e9cision, la robustesse, la m\u00e9moire et l&rsquo;\u00e9volutivit\u00e9.<\/li>\n<li>Publiez des scripts, des fichiers de configuration et des r\u00e9sultats bruts.<\/li>\n<\/ol>\n<h2>Guides connexes<\/h2>\n<ul>\n<li><a href=\"https:\/\/matforge.org\/performance-profiling-optimization-python-pde-solvers\/\">Profilage et optimisation des performances pour les solveurs PDE Python<\/a> goulots d&rsquo;\u00e9tranglement avant de comparer les impl\u00e9mentations.<\/li>\n<li><a href=\"https:\/\/matforge.org\/mesh-quality-convergence-studies-guide-2\/\">\u00c9tudes de qualit\u00e9 et de convergence du maillage&nbsp;: un guide pratique<\/a> &#8211; examinez les m\u00e9thodes de raffinement et de convergence des mailles pour les comparaisons \u00e9quitables de PDE.<\/li>\n<li><a href=\"https:\/\/matforge.org\/verification-vs-validation-in-scientific-simulations-a-practical-guide\/\">V\u00e9rification vs. Validation dans les simulations scientifiques<\/a> &#8211; Comprendre comment la correction num\u00e9rique diff\u00e8re de l&rsquo;accord avec Observations physiques.<\/li>\n<\/ul>\n<h2>Conclusion<\/h2>\n<p>Les benchmarks scientifiques des solveurs ont des objectifs diff\u00e9rents. ScimlBenchmarks compare les algorithmes d&rsquo;\u00e9quations diff\u00e9rentielles par l&rsquo;erreur et le travail de calcul. PDEBench fournit des ensembles de donn\u00e9es et des t\u00e2ches de ML scientifiques normalis\u00e9es. HPCG mesure la performance des syst\u00e8mes HPC sur une charge de travail peu repr\u00e9sentative. SuiteSparse prend en charge des tests \u00e9tendus d&rsquo;algorithmes \u00e0 matrice clairsem\u00e9e \u00e0 l&rsquo;aide de donn\u00e9es d&rsquo;application r\u00e9elles. ASU Mittelmann fournit des probl\u00e8mes d&rsquo;optimisation \u00e9tablis, y compris des mod\u00e8les \u00e0 contrainte PDE.<\/p>\n<p>Ces ressources ne doivent pas \u00eatre trait\u00e9es comme interchangeables. La bonne r\u00e9f\u00e9rence d\u00e9pend de la question de savoir si la cible est un int\u00e9grateur de temps, un substitut appris, un solveur lin\u00e9aire clairsem\u00e9, une plate-forme mat\u00e9rielle ou un package d&rsquo;optimisation.<\/p>\n<p>Un benchmark cr\u00e9dible signale la pr\u00e9cision, l&rsquo;ex\u00e9cution, la m\u00e9moire, les d\u00e9faillances, les param\u00e8tres du solveur et les d\u00e9tails du mat\u00e9riel. Il utilise des instances de probl\u00e8me identiques et teste plus d&rsquo;une tol\u00e9rance ou une r\u00e9solution. L&rsquo;objectif n&rsquo;est pas simplement d&rsquo;identifier l&rsquo;ex\u00e9cution la plus rapide, mais de d\u00e9terminer quelle m\u00e9thode fournit la pr\u00e9cision et la fiabilit\u00e9 requises pour la charge de travail scientifique pr\u00e9vue.<\/p>\n<\/article>\n","protected":false,"raw":"<article>\n<p>L'analyse comparative est essentielle lorsque les chercheurs doivent comparer les solveurs num\u00e9riques, les mod\u00e8les d'apprentissage automatique, les biblioth\u00e8ques d'alg\u00e8bre lin\u00e9aire clairsem\u00e9es ou les logiciels d'optimisation. Un solveur qui fonctionne bien sur une \u00e9quation, une matrice, une tol\u00e9rance ou une plate-forme mat\u00e9rielle peut se comporter de mani\u00e8re tr\u00e8s diff\u00e9rente dans un autre ensemble de conditions.<\/p>\n<p>Une r\u00e9f\u00e9rence utile devrait fournir des d\u00e9finitions de probl\u00e8mes r\u00e9p\u00e9tables, des mesures de pr\u00e9cision coh\u00e9rentes, des environnements de calcul contr\u00f4l\u00e9s et des rapports transparents. Il doit \u00e9galement correspondre au type de logiciel \u00e9valu\u00e9. Un int\u00e9grateur ODE, un op\u00e9rateur neuronal, un solveur direct clairsem\u00e9 et un optimiseur \u00e0 contrainte PDE ne r\u00e9solvent pas le m\u00eame probl\u00e8me et ne doivent pas \u00eatre compar\u00e9s via la m\u00eame suite de tests.<\/p>\n<p>Le paysage de l'informatique scientifique comprend plusieurs ressources de r\u00e9f\u00e9rence importantes. ScimlBenchmarks se concentre sur l'efficacit\u00e9 du solveur d'\u00e9quations diff\u00e9rentielles. PDEbench fournit des ensembles de donn\u00e9es et des t\u00e2ches d'\u00e9valuation pour l'apprentissage automatique scientifique. HPCG repr\u00e9sente des charges de travail peu abondantes et \u00e0 forte intensit\u00e9 de m\u00e9moire sur des ordinateurs hautes performances. SuiteSparse fournit des matrices d'applications r\u00e9elles. La collection ASU Mittelmann prend en charge les comparaisons de logiciels d'optimisation, y compris les probl\u00e8mes contraints par PDE.<\/p>\n<h2>Pourquoi les benchmarks des solveurs ont besoin de cat\u00e9gories<\/h2>\n<p>Le mot <i>solveur<\/i> peut d\u00e9crire plusieurs types de logiciels diff\u00e9rents. Un int\u00e9grateur de temps fait avancer une ODE ou une PDE semi-discr\u00e9tis\u00e9e. Un solveur lin\u00e9aire clairsem\u00e9 calcule la solution d'un syst\u00e8me matriciel. Un op\u00e9rateur neuronal se rapproche du mappage entre les entr\u00e9es et les sorties PDE. Un solveur d'optimisation minimise un objectif tout en satisfaisant les contraintes.<\/p>\n<p>Ces outils n\u00e9cessitent des crit\u00e8res d'\u00e9valuation diff\u00e9rents. Les int\u00e9grateurs de temps sont g\u00e9n\u00e9ralement compar\u00e9s par des \u00e9valuations d'erreurs, d'ex\u00e9cution et de fonction. Les solveurs clairsem\u00e9s n\u00e9cessitent des collections matricielles, des mesures de m\u00e9moire, des nombres d'it\u00e9rations et des r\u00e9sultats de mise \u00e0 l'\u00e9chelle. Les mod\u00e8les de ML scientifiques n\u00e9cessitent des mesures de formation et d'inf\u00e9rence, des tests de g\u00e9n\u00e9ralisation et des comparaisons avec des solutions de r\u00e9f\u00e9rence num\u00e9rique.<\/p>\n<p>Une suite de benchmark n'est utile que lorsque sa classe de probl\u00e8mes correspond \u00e0 l'objectif du solveur.<\/p>\n<h2>Principales familles de r\u00e9f\u00e9rence<\/h2>\n<table class=\"custom-table\">\n<tbody><tr>\n<th>ressource de r\u00e9f\u00e9rence<\/th>\n<th>Principale classe de probl\u00e8mes<\/th>\n<th>\u00c9valuation typique<\/th>\n<th>Meilleure utilisation<\/th>\n<\/tr>\n<tr>\n<td>ScimlBenchmarks<\/td>\n<td>Odes, SDES, DAES, semi-discr\u00e9tisations PDE et mod\u00e8les associ\u00e9s<\/td>\n<td>Sch\u00e9mas de pr\u00e9cision du travail, comparaisons de temps, d'erreurs et de solveurs<\/td>\n<td>Comparaison des algorithmes d'\u00e9quations diff\u00e9rentielles<\/td>\n<\/tr>\n<tr>\n<td>pdebench<\/td>\n<td>Ensembles de donn\u00e9es PDE d\u00e9pendant du temps pour le ML scientifique<\/td>\n<td>Erreur de pr\u00e9diction, qualit\u00e9 de d\u00e9ploiement, formation et performances d'inf\u00e9rence<\/td>\n<td>Comparaison des substituts de PDE neuronaux et des mod\u00e8les d'apprentissage par l'op\u00e9rateur<\/td>\n<\/tr>\n<tr>\n<td>HPCG<\/td>\n<td>Charge de travail lin\u00e9aire clairsem\u00e9e structur\u00e9e sur les syst\u00e8mes HPC<\/td>\n<td>Performances et \u00e9volutivit\u00e9 au niveau du syst\u00e8me<\/td>\n<td>\u00c9valuation de la mani\u00e8re dont le mat\u00e9riel HPC g\u00e8re les op\u00e9rations peu repr\u00e9sentatives<\/td>\n<\/tr>\n<tr>\n<td>SuitesParse Matrix Collection<\/td>\n<td>De v\u00e9ritables matrices clairsem\u00e9es de nombreux domaines d'application<\/td>\n<td>Ex\u00e9cution, m\u00e9moire, convergence, robustesse et comportement de factorisation<\/td>\n<td>Tester des algorithmes de matrice parcimonie et des biblioth\u00e8ques de solveurs<\/td>\n<\/tr>\n<tr>\n<td>Asu Mittelmann<\/td>\n<td>Optimisation continue, discr\u00e8te et contrainte par PDE<\/td>\n<td>Ex\u00e9cution, instances r\u00e9solues, optimalit\u00e9 et robustesse<\/td>\n<td>Comparaison des logiciels d'optimisation<\/td>\n<\/tr>\n<\/tbody><\/table>\n<h2>Clarification des noms de r\u00e9f\u00e9rence non v\u00e9rifi\u00e9s<\/h2>\n<p>Les notes de projets informels et les projets de recherche g\u00e9n\u00e9r\u00e9s font parfois r\u00e9f\u00e9rence \u00e0 des suites appel\u00e9es \u00ab Himas \u00bb ou \u00ab Scibase \u00bb. Ces noms ne doivent pas \u00eatre trait\u00e9s comme des benchmarks scientifiques \u00e9tablis sans publication, r\u00e9f\u00e9rentiel ou source institutionnelle.<\/p>\n<p>Lorsque vous discutez de l'\u00e9valuation du solveur clairsem\u00e9, il est plus s\u00fbr de r\u00e9f\u00e9rencer la ressource r\u00e9elle utilis\u00e9e, telle que HPCG, SuiteSparse ou une comparaison document\u00e9e impliquant PETSC, Trilinos, Hypre ou Superlu.<\/p>\n<p>Petsc, Trilinos, Hypre et Superlu sont des biblioth\u00e8ques de solveurs plut\u00f4t qu'une suite de r\u00e9f\u00e9rence combin\u00e9e. Les chercheurs peuvent les comparer sur les m\u00eames matrices ou charges de travail PDE, mais le protocole de test doit \u00eatre d\u00e9fini s\u00e9par\u00e9ment.<\/p>\n<h2>ScimlBenchmarks<\/h2>\n<p><a href=\"https:\/\/docs.sciml.ai\/SciMLBenchmarksOutput\" rel=\"nofollow noopener\" target=\"_blank\">ScimlBenchmarks<\/a> fournit des comparaisons reproductibles pour les algorithmes d'\u00e9quations diff\u00e9rentielles. Sa couverture comprend des odes non rigides et rigides, des \u00e9quations diff\u00e9rentielles stochastiques, des \u00e9quations diff\u00e9rentielles-alg\u00e9briques, des probl\u00e8mes de valeurs limites et des syst\u00e8mes PDE s\u00e9lectionn\u00e9s apr\u00e8s discr\u00e9tisation spatiale.<\/p>\n<p>L'outil d'\u00e9valuation central est le diagramme de pr\u00e9cision du travail. Chaque solveur est ex\u00e9cut\u00e9 avec plusieurs param\u00e8tres de tol\u00e9rance ou des configurations num\u00e9riques. L'erreur mesur\u00e9e est trac\u00e9e par rapport au co\u00fbt de calcul, tel que le temps d'ex\u00e9cution, le nombre d'\u00e9valuations de droite ou une autre mesure de travail.<\/p>\n<p>Un solveur qui appara\u00eet plus pr\u00e8s de la r\u00e9gion inf\u00e9rieure gauche du diagramme fournit g\u00e9n\u00e9ralement une erreur inf\u00e9rieure \u00e0 un co\u00fbt inf\u00e9rieur. Aucun point n'est suffisant car les classements des solveurs peuvent changer \u00e0 mesure que la pr\u00e9cision demand\u00e9e change.<\/p>\n<h3>Ce que r\u00e9v\u00e8lent les diagrammes de pr\u00e9cision du travail<\/h3>\n<p>Supposons que le solveur A soit plus rapide \u00e0 des tol\u00e9rances l\u00e2ches mais devient inefficace lorsqu'une grande pr\u00e9cision est requise. Le solveur B peut avoir un co\u00fbt d'installation plus \u00e9lev\u00e9 mais une meilleure \u00e9chelle \u00e0 mesure que la tol\u00e9rance devient plus stricte. Une seule comparaison d'ex\u00e9cution masquerait cette distinction.<\/p>\n<p>L'analyse de la pr\u00e9cision du travail rend visible le compromis pr\u00e9cision-co\u00fbt-co\u00fbt. Il est particuli\u00e8rement utile pour les int\u00e9grateurs de temps adaptatifs car leur nombre de pas et leurs \u00e9valuations de fonctions d\u00e9pendent de la tol\u00e9rance demand\u00e9e.<\/p>\n<h3>Comparaisons inter-langues<\/h3>\n<p>Les collections de r\u00e9f\u00e9rence SCIML peuvent inclure des algorithmes accessibles via diff\u00e9rents \u00e9cosyst\u00e8mes logiciels. Les tests inter-langues n\u00e9cessitent des soins car les frais g\u00e9n\u00e9raux d'enveloppe, la compilation, l'allocation de m\u00e9moire, les valeurs par d\u00e9faut du solveur et les d\u00e9finitions de contr\u00f4le des erreurs peuvent affecter le r\u00e9sultat.<\/p>\n<p>Une comparaison \u00e9quitable doit utiliser des \u00e9quations \u00e9quivalentes, des conditions initiales, des tol\u00e9rances, des temps de sortie, des informations sur Jacobien et des crit\u00e8res d'arr\u00eat.<\/p>\n<h2>PDEBench pour l'apprentissage automatique scientifique<\/h2>\n<p><a href=\"https:\/\/github.com\/pdebench\/PDEBench\" rel=\"nofollow noopener\" target=\"_blank\">pdebench<\/a> est con\u00e7u pour la recherche sur l'apprentissage automatique impliquant des syst\u00e8mes physiques bas\u00e9s sur la PDE. Il fournit du code, des ensembles de donn\u00e9es, des mod\u00e8les de base et des outils d'\u00e9valuation pour comparer les substituts appris dans plusieurs familles d'\u00e9quations.<\/p>\n<p>Les ensembles de donn\u00e9es associ\u00e9s comprennent des probl\u00e8mes tels que l'advection, l'\u00e9quation de Burgers, les syst\u00e8mes de r\u00e9action de diffusion, de diffusion-sorption, les \u00e9quations compressibles de Navier-Stokes, le flux de Darcy et les \u00e9quations d'eau peu profonde.<\/p>\n<p>Les chercheurs peuvent utiliser les donn\u00e9es fournies pour \u00e9valuer les op\u00e9rateurs de neurones de Fourier, les r\u00e9seaux convolutionnels, les mod\u00e8les autor\u00e9gressifs et d'autres approches scientifiques de ML sans g\u00e9n\u00e9rer ind\u00e9pendamment chaque ensemble de donn\u00e9es de simulation.<\/p>\n<h3>Quelles mesures de PdeBench<\/h3>\n<p>L'\u00e9valuation d'un mod\u00e8le PDE apprise n\u00e9cessite plus d'une seule erreur au carr\u00e9 moyenne. Les mesures utiles peuvent inclure :<\/p>\n<ul>\n<li>Erreurs \u00e0 pas de temps individuels<\/li>\n<li>Stabilit\u00e9 du d\u00e9ploiement \u00e0 long horizon<\/li>\n<li>Violation de la loi sur la conservation<\/li>\n<li>Performances sur les valeurs de param\u00e8tres invisibles<\/li>\n<li>Erreurs proches des limites ou des gradients nets<\/li>\n<li>Co\u00fbt de formation et d'inf\u00e9rence<\/li>\n<li>consommation de m\u00e9moire<\/li>\n<\/ul>\n<p>Le simulateur num\u00e9rique utilis\u00e9 pour produire un ensemble de donn\u00e9es d'apprentissage et le mod\u00e8le appris qui se rapproche de sa sortie effectuent diff\u00e9rentes t\u00e2ches. Le co\u00fbt de la formation, le co\u00fbt de la g\u00e9n\u00e9ration de donn\u00e9es et le co\u00fbt de l'inf\u00e9rence doivent donc \u00eatre d\u00e9clar\u00e9s s\u00e9par\u00e9ment.<\/p>\n<h3>Ressources de donn\u00e9es SCIML associ\u00e9es<\/h3>\n<p>Des donn\u00e9es de r\u00e9f\u00e9rence pour la recherche scientifique sur le ML bas\u00e9e sur les PDE sont \u00e9galement disponibles via le <a href=\"https:\/\/darus.uni-stuttgart.de\/dataverse\/sciml_benchmark\" rel=\"nofollow noopener\" target=\"_blank\">Collection de r\u00e9f\u00e9rence SCIML sur Darus<\/a>.<\/p>\n<p>Des sorties de r\u00e9f\u00e9rence suppl\u00e9mentaires et des comparaisons exp\u00e9rimentales peuvent \u00eatre trouv\u00e9es sur <a href=\"https:\/\/benchmarks.sciml.ai\" rel=\"nofollow noopener\" target=\"_blank\">benchmarks.sciml.ai<\/a>. Les chercheurs doivent enregistrer la version exacte de l'ensemble de donn\u00e9es, la validation du r\u00e9f\u00e9rentiel et l'environnement logiciel utilis\u00e9 dans chaque exp\u00e9rience.<\/p>\n<h2>HPCG pour l'\u00e9valuation du syst\u00e8me HPC<\/h2>\n<p>Le <a href=\"https:\/\/hpcg-benchmark.org\" rel=\"nofollow noopener\" target=\"_blank\">benchmark de gradients de conjugaison hautes performances<\/a> a \u00e9t\u00e9 cr\u00e9\u00e9 en compl\u00e9ment du LinPack haute performance. HPL met l'accent sur l'alg\u00e8bre lin\u00e9aire dense, tandis que HPCG utilise des mod\u00e8les de calcul et d'acc\u00e8s \u00e0 la m\u00e9moire qui sont plus proches de nombreuses applications scientifiques rares.<\/p>\n<p>HPCG construit un syst\u00e8me clairsem\u00e9 associ\u00e9 \u00e0 un probl\u00e8me de mod\u00e8le en trois dimensions et applique des op\u00e9rations telles que la multiplication par vecteur clairsem\u00e9e, les mises \u00e0 jour vectorielles, les produits DOT et les it\u00e9rations de gradient de conjugu\u00e9s pr\u00e9conditionn\u00e9s \u00e0 plusieurs r\u00e9seaux.<\/p>\n<p>Le benchmark expose les limites li\u00e9es \u00e0 la bande passante de la m\u00e9moire, \u00e0 la communication, \u00e0 la synchronisation et au mouvement des donn\u00e9es. Ces facteurs dominent souvent les grandes simulations clairsem\u00e9es m\u00eame lorsqu'une machine a des performances th\u00e9oriques en virgule flottante tr\u00e8s \u00e9lev\u00e9es.<\/p>\n<h3>Ce que HPCG ne mesure pas<\/h3>\n<p>HPCG ne doit pas \u00eatre trait\u00e9 comme un classement complet de tous les solveurs lin\u00e9aires clairsem\u00e9s. Il utilise un algorithme de r\u00e9f\u00e9rence sp\u00e9cifique et une structure de probl\u00e8me. Une biblioth\u00e8que con\u00e7ue pour les matrices asym\u00e9triques, la factorisation directe clairsem\u00e9e, les syst\u00e8mes ind\u00e9finis ou le pr\u00e9conditionnement sp\u00e9cifique \u00e0 l'application peut ne pas \u00eatre repr\u00e9sent\u00e9e de mani\u00e8re \u00e9quitable par un seul r\u00e9sultat HPCG.<\/p>\n<p>HPCG est tr\u00e8s utile pour comparer des syst\u00e8mes informatiques ou des impl\u00e9mentations de sa charge de travail prescrite. Une \u00e9valuation plus large des solveurs n\u00e9cessite plusieurs matrices et classes de probl\u00e8mes.<\/p>\n<h2>SuitesParse Matrix Collection<\/h2>\n<p>La <a href=\"https:\/\/sparse.tamu.edu\" rel=\"nofollow noopener\" target=\"_blank\">SuitesParse Matrix Collection<\/a> contient des matrices clairsem\u00e9es provenant d'applications r\u00e9elles. La collection \u00e9tait auparavant connue sous le nom de collection Matrix de l'Universit\u00e9 de Floride.<\/p>\n<p>Ses matrices repr\u00e9sentent des probl\u00e8mes provenant de la dynamique des fluides informatiques, de l'analyse structurelle, de la simulation de circuit, de l'optimisation, de l'\u00e9lectromagn\u00e9tique, de l'analyse des graphes et de nombreux autres domaines.<\/p>\n<p>Cette diversit\u00e9 rend SuiteSparse utile pour tester :<\/p>\n<ul>\n<li>Factorisation directe clairsem\u00e9e<\/li>\n<li>M\u00e9thodes it\u00e9ratives de Krylov<\/li>\n<li>pr\u00e9conditionneurs<\/li>\n<li>R\u00e9organisation matricielle<\/li>\n<li>Partage de graphes<\/li>\n<li>Noyaux clairsem\u00e9s GPU<\/li>\n<li>Formats de m\u00e9moire et de stockage<\/li>\n<\/ul>\n<h3>Pourquoi les matrices r\u00e9elles sont-elles importantes<\/h3>\n<p>Une matrice synth\u00e9tique peut reproduire une taille ou un niveau de parcimonie s\u00e9lectionn\u00e9 tout en manquant les propri\u00e9t\u00e9s structurelles qui rendent un syst\u00e8me r\u00e9el difficile. Le remplissage pendant la factorisation, la dominance diagonale, la sym\u00e9trie, le conditionnement, la structure des blocs et la connectivit\u00e9 graphique peuvent tous influencer le comportement du solveur.<\/p>\n<p>Une bonne \u00e9tude de suitesparse ne doit pas s\u00e9lectionner uniquement les matrices qui favorisent une m\u00e9thode. L'ensemble de tests doit repr\u00e9senter l'application cible et inclure des r\u00e8gles claires d'inclusion et d'exclusion.<\/p>\n<h2>biblioth\u00e8ques de solveurs et donn\u00e9es de r\u00e9f\u00e9rence<\/h2>\n<p>PETSC, Trilinos, Hypre et Superlu sont couramment utilis\u00e9s dans le calcul scientifique, mais ils offrent des capacit\u00e9s diff\u00e9rentes.<\/p>\n<ul>\n<li><strong>petsc<\/strong> fournit des vecteurs distribu\u00e9s, des matrices, des m\u00e9thodes Krylov, des solveurs non lin\u00e9aires, des int\u00e9grateurs de temps et des interfaces \u00e0 des packages externes.<\/li>\n<li><strong>Trilinos<\/strong> contient des packages pour l'alg\u00e8bre clairsem\u00e9e, les m\u00e9thodes it\u00e9ratives, le pr\u00e9conditionnement, les solveurs directs, les syst\u00e8mes non lin\u00e9aires et les flux de travail multiphysiques.<\/li>\n<li><strong>Hypre<\/strong> se concentre sur les solveurs it\u00e9ratifs \u00e9volutifs et les pr\u00e9conditionneurs multi-grids pour les grands syst\u00e8mes parall\u00e8les.<\/li>\n<li><strong>SuperLU<\/strong> fournit une factorisation LU clair pour les environnements s\u00e9quentiels, multithreads et distribu\u00e9s.<\/li>\n<\/ul>\n<p>Une comparaison cr\u00e9dible doit utiliser des formats de matrice \u00e9quivalents, des tol\u00e9rances d'arr\u00eat, des param\u00e8tres de pr\u00e9conditionneur, une pr\u00e9cision, une allocation mat\u00e9rielle et des d\u00e9finitions de convergence.<\/p>\n<h2>R\u00e9f\u00e9rences de l'ASU Mittelmann<\/h2>\n<p><a href=\"https:\/\/plato.asu.edu\" rel=\"nofollow noopener\" target=\"_blank\">hans Mittelmann de l'ASU Benchmark Site<\/a> recueille les probl\u00e8mes de test et les comparaisons de performances pour les logiciels d'optimisation.<\/p>\n<p>Le site plus large couvre plusieurs cat\u00e9gories d'optimisation. Sa collection d'optimisation \u00e0 contrainte PDE comprend des probl\u00e8mes de contr\u00f4le elliptiques et paraboliques enti\u00e8rement discr\u00e9tis\u00e9s repr\u00e9sent\u00e9s sous forme de mod\u00e8les AML.<\/p>\n<p>Ces probl\u00e8mes peuvent \u00eatre soumis \u00e0 des solveurs d'optimisation non lin\u00e9aires qui prennent en charge AML. Ils sont utiles pour \u00e9tudier comment les optimiseurs g\u00e8rent de grands syst\u00e8mes dans lesquels les variables de d\u00e9cision et les contraintes d\u00e9coulent d'un PDE discr\u00e9tis\u00e9.<\/p>\n<h3>Quelles mesures d'optimisation contraintes par la PDE<\/h3>\n<p>Une r\u00e9f\u00e9rence d'optimisation \u00e0 contrainte PDE peut \u00e9valuer plus que la vitesse de la solution PDE. Il peut \u00e9galement tester :<\/p>\n<ul>\n<li>R\u00e9duction de la fonction objectif<\/li>\n<li>Contrainte satisfaction<\/li>\n<li>Optimalit\u00e9 de premier ordre<\/li>\n<li>Robustesse aux suppositions initiales<\/li>\n<li>Manutention d\u00e9riv\u00e9e et hessienne<\/li>\n<li>Utilisation de la m\u00e9moire<\/li>\n<li>La mise \u00e0 l'\u00e9chelle \u00e0 mesure que la discr\u00e9tisation est affin\u00e9e<\/li>\n<\/ul>\n<p>Ces tests ne sont pas des substituts \u00e0 des benchmarks ordinaires de solveur lin\u00e9aire PDE ou clairsem\u00e9s. Ils \u00e9valuent le flux de travail d'optimisation complet.<\/p>\n<h2>Comment choisir la bonne r\u00e9f\u00e9rence<\/h2>\n<table class=\"custom-table\">\n<tbody><tr>\n<th>But d'\u00e9valuation<\/th>\n<th>ressource recommand\u00e9e<\/th>\n<th>Principales mesures<\/th>\n<\/tr>\n<tr>\n<td>Comparez les algorithmes d'ODE ou d'int\u00e9gration temporelle<\/td>\n<td>ScimlBenchmarks<\/td>\n<td>Erreur, ex\u00e9cution, \u00e9valuations de fonctions et pr\u00e9cision du travail<\/td>\n<\/tr>\n<tr>\n<td>Comparer les mod\u00e8les de substituts acquis par PDE<\/td>\n<td>pdebench<\/td>\n<td>Erreur de pr\u00e9diction, stabilit\u00e9 du d\u00e9ploiement, entra\u00eenement et co\u00fbt d'inf\u00e9rence<\/td>\n<\/tr>\n<tr>\n<td>Comparez les syst\u00e8mes HPC sur des charges de travail rares<\/td>\n<td>HPCG<\/td>\n<td>D\u00e9bit, mise \u00e0 l'\u00e9chelle, m\u00e9moire et performances de communication<\/td>\n<\/tr>\n<tr>\n<td>Comparer les algorithmes de solveurs clairsem\u00e9s<\/td>\n<td>SuitesParse<\/td>\n<td>Ex\u00e9cution, m\u00e9moire, it\u00e9rations, robustesse et r\u00e9sidus<\/td>\n<\/tr>\n<tr>\n<td>Comparez les optimiseurs \u00e0 contrainte PDDE<\/td>\n<td>Asu Mittelmann<\/td>\n<td>Ex\u00e9cution, probl\u00e8mes r\u00e9solus, faisabilit\u00e9 et optimalit\u00e9<\/td>\n<\/tr>\n<\/tbody><\/table>\n<h2>Concevoir une comparaison de solveurs \u00e9quitables<\/h2>\n<p>Chaque solveur devrait recevoir le m\u00eame probl\u00e8me math\u00e9matique. Cela inclut le m\u00eame domaine, le m\u00eame maillage, les coefficients, les conditions initiales, les conditions aux limites, l'heure finale et la sortie demand\u00e9e.<\/p>\n<p>Lorsque les algorithmes utilisent diff\u00e9rentes repr\u00e9sentations internes, la comparaison doit se concentrer sur une mesure de pr\u00e9cision externe commune. Un r\u00e9sultat rapide n'est pas utile s'il ne parvient pas \u00e0 atteindre l'erreur cible.<\/p>\n<p>Le rapport de r\u00e9f\u00e9rence doit enregistrer :<\/p>\n<ul>\n<li>Versions du solveur et des d\u00e9pendances<\/li>\n<li>Param\u00e8tres de compilateur et d'optimisation<\/li>\n<li>Informations sur le processeur, le GPU, la m\u00e9moire et le r\u00e9seau<\/li>\n<li>Le nombre de threads et de processus<\/li>\n<li>Pr\u00e9cision et type de donn\u00e9es<\/li>\n<li>Tol\u00e9rances et conditions d'arr\u00eat<\/li>\n<li>Pr\u00e9conditionneurs et r\u00e9organisations matricielles<\/li>\n<li>Traitement d'\u00e9chauffement et de compilation<\/li>\n<li>Nombre d'ex\u00e9cutions r\u00e9p\u00e9t\u00e9es<\/li>\n<li>D\u00e9finitions d'erreurs et d'\u00e9checs<\/li>\n<\/ul>\n<h2>Utilisez plusieurs niveaux de pr\u00e9cision<\/h2>\n<p>Une r\u00e9f\u00e9rence r\u00e9alis\u00e9e \u00e0 une tol\u00e9rance peut produire un gagnant trompeur. Certaines m\u00e9thodes ont peu de frais g\u00e9n\u00e9raux et fonctionnent bien lorsque les exigences de pr\u00e9cision sont l\u00e2ches. D'autres deviennent plus comp\u00e9titifs \u00e0 des tol\u00e9rances plus strictes.<\/p>\n<p>Pour les int\u00e9grateurs de temps, plusieurs combinaisons de tol\u00e9rances relatives et absolues doivent \u00eatre test\u00e9es. Pour les solveurs lin\u00e9aires it\u00e9ratifs, les chercheurs doivent rapporter des d\u00e9finitions r\u00e9siduelles et examiner si la r\u00e9duction r\u00e9siduelle alg\u00e9brique correspond \u00e0 une erreur de solution r\u00e9elle.<\/p>\n<p>Les diagrammes de pr\u00e9cision du travail, les profils de performances et les trac\u00e9s de convergence fournissent plus d'informations qu'une seule table de synchronisation.<\/p>\n<h2>Mesurer les co\u00fbts de configuration et de r\u00e9solution r\u00e9p\u00e9t\u00e9e<\/h2>\n<p>Le co\u00fbt du solveur contient souvent plusieurs composants :<\/p>\n<ul>\n<li>Assemblage de la matrice<\/li>\n<li>Construction du pr\u00e9conditionneur<\/li>\n<li>Factorisation symbolique<\/li>\n<li>Factorisation num\u00e9rique<\/li>\n<li>Temps de r\u00e9solution individuel<\/li>\n<li>Transfert de donn\u00e9es<\/li>\n<li>Sortie et post-traitement<\/li>\n<\/ul>\n<p>Une m\u00e9thode directe peut avoir un co\u00fbt de factorisation initial \u00e9lev\u00e9, mais r\u00e9soudre rapidement des c\u00f4t\u00e9s droits suppl\u00e9mentaires. Une m\u00e9thode it\u00e9rative peut avoir un co\u00fbt de configuration inf\u00e9rieur, mais n\u00e9cessite de nombreuses it\u00e9rations pour chaque solution.<\/p>\n<p>Les rapports de r\u00e9f\u00e9rence doivent s\u00e9parer la configuration ponctuelle des performances \u00e0 r\u00e9solution r\u00e9p\u00e9t\u00e9e.<\/p>\n<h2>Erreurs d'analyse comparative courantes<\/h2>\n<p>Une erreur fr\u00e9quente consiste \u00e0 comparer les r\u00e9sultats g\u00e9n\u00e9r\u00e9s sur diff\u00e9rents maillages ou avec des cibles d'erreur diff\u00e9rentes. Un calcul plus rapide sur un probl\u00e8me plus grossier ne d\u00e9montre pas qu'un solveur est plus efficace.<\/p>\n<p>D'autres erreurs courantes incluent :<\/p>\n<ul>\n<li>Rapport d'ex\u00e9cution sans erreur de rapport<\/li>\n<li>S\u00e9lectionner uniquement des matrices favorables<\/li>\n<li>Utilisation de diff\u00e9rentes conditions d'arr\u00eat<\/li>\n<li>Ignorer les \u00e9checs ou les ex\u00e9cutions non convergentes<\/li>\n<li>Combiner la compilation avec l'ex\u00e9cution pour une seule langue<\/li>\n<li>Comparaison des ex\u00e9cutions CPU et GPU sans documenter les co\u00fbts de transfert de donn\u00e9es<\/li>\n<li>Utilisation de HPCG pour \u00e9valuer un mod\u00e8le Neural PDE non apparent\u00e9<\/li>\n<li>Utiliser PDEBench comme substitut \u00e0 la r\u00e9f\u00e9rence de la matrice clairsem\u00e9e<\/li>\n<li>Signaler uniquement l'ex\u00e9cution la plus rapide au lieu de mesures r\u00e9p\u00e9t\u00e9es<\/li>\n<li>Ne pas publier de scripts et de configurations<\/li>\n<\/ul>\n<h2>Un flux de travail de r\u00e9f\u00e9rence pratique<\/h2>\n<ol>\n<li>D\u00e9finir le probl\u00e8me scientifique et le cas d'utilisation cible.<\/li>\n<li>S\u00e9lectionnez une ressource de r\u00e9f\u00e9rence qui correspond \u00e0 la classe Solveur.<\/li>\n<li>Choisissez des instances repr\u00e9sentatives avant d'ex\u00e9cuter les solveurs.<\/li>\n<li>D\u00e9finissez les crit\u00e8res d'erreur, de convergence et de d\u00e9faillance courants.<\/li>\n<li>Enregistrer les environnements logiciels et mat\u00e9riels.<\/li>\n<li>Testez plusieurs tol\u00e9rances, tailles de matrice ou r\u00e9solutions de maillage.<\/li>\n<li>S\u00e9parez les co\u00fbts de configuration, de r\u00e9solution et de transfert de donn\u00e9es.<\/li>\n<li>R\u00e9p\u00e9tez les ex\u00e9cutions et rapportez la variation statistique.<\/li>\n<li>Inspectez la pr\u00e9cision, la robustesse, la m\u00e9moire et l'\u00e9volutivit\u00e9.<\/li>\n<li>Publiez des scripts, des fichiers de configuration et des r\u00e9sultats bruts.<\/li>\n<\/ol>\n<h2>Guides connexes<\/h2>\n<ul>\n<li><a href=\"https:\/\/matforge.org\/performance-profiling-optimization-python-pde-solvers\/\">Profilage et optimisation des performances pour les solveurs PDE Python<\/a> goulots d'\u00e9tranglement avant de comparer les impl\u00e9mentations.<\/li>\n<li><a href=\"https:\/\/matforge.org\/mesh-quality-convergence-studies-guide-2\/\">\u00c9tudes de qualit\u00e9 et de convergence du maillage&nbsp;: un guide pratique<\/a> - examinez les m\u00e9thodes de raffinement et de convergence des mailles pour les comparaisons \u00e9quitables de PDE.<\/li>\n<li><a href=\"https:\/\/matforge.org\/verification-vs-validation-in-scientific-simulations-a-practical-guide\/\">V\u00e9rification vs. Validation dans les simulations scientifiques<\/a> - Comprendre comment la correction num\u00e9rique diff\u00e8re de l'accord avec Observations physiques.<\/li>\n<\/ul>\n<h2>Conclusion<\/h2>\n<p>Les benchmarks scientifiques des solveurs ont des objectifs diff\u00e9rents. ScimlBenchmarks compare les algorithmes d'\u00e9quations diff\u00e9rentielles par l'erreur et le travail de calcul. PDEBench fournit des ensembles de donn\u00e9es et des t\u00e2ches de ML scientifiques normalis\u00e9es. HPCG mesure la performance des syst\u00e8mes HPC sur une charge de travail peu repr\u00e9sentative. SuiteSparse prend en charge des tests \u00e9tendus d'algorithmes \u00e0 matrice clairsem\u00e9e \u00e0 l'aide de donn\u00e9es d'application r\u00e9elles. ASU Mittelmann fournit des probl\u00e8mes d'optimisation \u00e9tablis, y compris des mod\u00e8les \u00e0 contrainte PDE.<\/p>\n<p>Ces ressources ne doivent pas \u00eatre trait\u00e9es comme interchangeables. La bonne r\u00e9f\u00e9rence d\u00e9pend de la question de savoir si la cible est un int\u00e9grateur de temps, un substitut appris, un solveur lin\u00e9aire clairsem\u00e9, une plate-forme mat\u00e9rielle ou un package d'optimisation.<\/p>\n<p>Un benchmark cr\u00e9dible signale la pr\u00e9cision, l'ex\u00e9cution, la m\u00e9moire, les d\u00e9faillances, les param\u00e8tres du solveur et les d\u00e9tails du mat\u00e9riel. Il utilise des instances de probl\u00e8me identiques et teste plus d'une tol\u00e9rance ou une r\u00e9solution. L'objectif n'est pas simplement d'identifier l'ex\u00e9cution la plus rapide, mais de d\u00e9terminer quelle m\u00e9thode fournit la pr\u00e9cision et la fiabilit\u00e9 requises pour la charge de travail scientifique pr\u00e9vue.<\/p>\n<\/article>\n"},"excerpt":{"rendered":"<p><span class=\"span-reading-time rt-reading-time\" style=\"display: block;\"><span class=\"rt-label rt-prefix\">Reading Time: <\/span> <span class=\"rt-time\"> 10<\/span> <span class=\"rt-label rt-postfix\">minutes<\/span><\/span>L&rsquo;analyse comparative est essentielle lorsque les chercheurs doivent comparer les solveurs num\u00e9riques, les mod\u00e8les d&rsquo;apprentissage automatique, les biblioth\u00e8ques d&rsquo;alg\u00e8bre lin\u00e9aire clairsem\u00e9es ou les logiciels d&rsquo;optimisation. Un solveur qui fonctionne bien sur une \u00e9quation, une matrice, une tol\u00e9rance ou une plate-forme mat\u00e9rielle peut se comporter de mani\u00e8re tr\u00e8s diff\u00e9rente dans un autre ensemble de conditions. 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